В 1988 году Валерий Гергиев был избран музыкальным руководителем Мариинского театра, а в 1996-м — его художественным руководителем — директором (он принял руководство оркестром, оперной и балетной труппой).
С приходом Валерия Гергиева в театр традицией стали крупные тематические фестивали, приуроченные к юбилеям композиторов. В рамках таких фестивалей звучали не только хорошо известные партитуры, но и редко исполнявшиеся или вообще прежде не видевшие сцены сочинения. Традиция юбилейных фестивалей продолжается и в XXI веке: празднованием 100-летия Дмитрия Шостаковича в 2006 году, 175-летия Петра Чайковского в 2015-м, 125-летия Сергея Прокофьева в 2016-м, 175-летия Римского-Корсакова в 2019-м.
Усилиями маэстро Гергиева на сцену Мариинского театра вернулись оперы Рихарда Вагнера. В 1997 году прозвучал «Парсифаль», не видевший российской сцены более 80 лет, в 1999-м возрожден «Лоэнгрин», а к 2003-му целиком поставлена грандиозная оперная тетралогия «Кольцо нибелунга». Это было первое после почти столетнего перерыва полное исполнение тетралогии на российской сцене и первое в России — на языке оригинала. Тетралогия с успехом шла на гастролях Мариинского театра в Москве, а также за границей — в США, Южной Корее, Японии, Великобритании и Испании. В репертуаре театра закрепились постановки «Тристана и Изольды» (2005) и «Летучего голландца» (1998, 2008).
Симфонический оркестр Мариинского театра под управлением Валерия Гергиева вышел на новый уровень, освоив не только новые оперные и балетные партитуры, но и обширный симфонический репертуар — все симфонии Бетховена, Брамса, Чайковского, Малера, Сибелиуса, Прокофьева, Шостаковича, сочинения Берлиоза, Брукнера, Римского-Корсакова, Р. Штрауса, Скрябина, Рахманинова, Стравинского, Мессиана, Дютийё, Уствольской, Щедрина, Канчели и многих других композиторов.
Под руководством Валерия Гергиева Мариинский театр превратился в масштабный театрально-концертный комплекс, не имеющий аналогов в мире. В 2006 году был открыт Концертный зал, в 2013-м — вторая сцена театра (Мариинский-2), с 1 января 2016 года у Мариинского театра появился филиал во Владивостоке (Приморская сцена), а с 2017-го — во Владикавказе. Среди других проектов Валерия Гергиева, реализованных в Мариинском театре, — организация медиавещания, проведение онлайн-трансляций концертов, создание звукозаписывающей студии. В 2009-м начал свою работу лейбл Mariinsky, на котором к настоящему моменту вышло уже более 30 дисков, получивших признание критики и публики во всем мире: симфонии и фортепианные концерты Чайковского и Шостаковича, оперы Вагнера, Массне, Доницетти и целый ряд других произведений. На DVD выпущены записи сочинений Верди («Аттила»), Чайковского (симфонии), Римского-Корсакова («Сказка о царе Салтане», «Золотой петушок»), Р. Штрауса («Женщина без тени»), Прокофьева («Ромео и Джульетта», «Золушка», «Игрок», «Семен Котко»), Щедрина («Левша»).
Международная деятельность Валерия Гергиева не менее насыщенна и активна. Дебютировав в 1991 году в Баварской государственной опере («Борис Годунов» Мусоргского), в 1993-м — в Ковент-Гардене («Евгений Онегин» Чайковского), в 1994-м — в Метрополитен-опере («Отелло» Верди с Пласидо Доминго в заглавной роли), маэстро успешно продолжает сотрудничать с ведущими оперными театрами планеты. Он работает с Международным оркестром мира (которым руководит с 1997 года, после кончины основателя коллектива — Георга Шолти), с филармоническими оркестрами Берлина, Парижа, Вены, Нью-Йорка, Лос-Анджелеса, симфоническими оркестрами Чикаго, Кливленда, Бостона, Сан-Франциско, Королевским оркестром Консертгебау (Амстердам), а также многими другими коллективами. С 1995 по 2008 год Валерий Гергиев занимал пост главного дирижера Роттердамского филармонического оркестра (сегодня он почетный дирижер этого коллектива), с 2007 по 2015 год — Лондонского симфонического оркестра. С осени 2015-го года маэстро возглавляет Мюнхенский филармонический оркестр, с лета 2018-го — оркестр Музыкального фестиваля в Вербье.
Валерий Гергиев — основатель и руководитель престижных международных фестивалей, в числе которых — «Звезды белых ночей» (c 1993), Московский Пасхальный фестиваль (c 2002), Гергиев-фестиваль в Роттердаме, Музыкальный фестиваль в Миккели (Финляндия), «360 градусов» в Мюнхене. С 2011-го он возглавляет оргкомитет Международного конкурса им. П. И. Чайковского. Валерий Гергиев уделяет огромное внимание работе с молодыми музыкантами. По его инициативе было возрождено Всероссийское хоровое общество, на базе которого создан Детский хор России, выступавший в Мариинском-2, Большом театре России и на закрытии XXII зимних Олимпийских игр в Сочи. С 2013 года маэстро руководит Национальным молодежным оркестром США, регулярно выступает с молодежными оркестрами фестиваля в Шлезвиг-Гольштейне, фестиваля в Вербье и Тихоокеанского музыкального фестиваля в Саппоро. С 2015 года в Мариинском театре проходит ежегодный фестиваль «Мариинский NEXT», в котором участвуют детские и молодежные оркестры Санкт-Петербурга.
Музыкальная и общественная деятельность Валерия Гергиева отмечена тремя Государственными премиями Российской Федерации (1993, 1998, 2015), званиями народного артиста Российской Федерации (1996) и Героя Труда (2013), орденом «За заслуги перед Отечеством» III и IV степени (2003, 2008), орденом Александра Невского (2016), премией Министерства обороны Российской Федерации в области культуры и искусства (2017), высокими государственными наградами Армении, Болгарии, Германии, Италии, Нидерландов, Польши, Франции, Японии.
