В разные годы работала в Институте архитектуры и искусства НАНА, возглавляла Управление по культурной политике Министерства культуры АР, которое занималось стратегическими разработками и инновационными проектами в области культуры, тесно взаимодействовало и сотрудничало с такими международными организациями, как ЮНЕСКО, ИСЕСКО, Совет Европы, ТЮРКСОЙ, Совет по культурному сотрудничеству стран СНГ и другими. Главный координатор и соавтор Доклада по культурной политике в Азербайджанской Республике (Баку–Страсбург, 2002), национальный автор Компендиума основных фактов и течений в культурной политике Европы (2000–2006), член Европейского общества исследователей культурной политики (ECURES).
В 2001 году Нигяр Ахундова создала и возглавила азербайджанское отделение Международного Музыкального Совета (İnternational Music COUNCIL) под эгидой ЮНЕСКО, которое активно занималось пропагандой национальной музыки за рубежом.
С 2006 года перешла на дипломатическую службу в Посольство Азербайджанской Республики в Российской Федерации, где в должности Советника по гуманитарным делам принимала активное участие в разработке и реализации двусторонних гуманитарных проектов.
С 2017 года — Атташе по культуре Посольства Азербайджана в России. Основное направление деятельности — двустороннее азербайджано-российское сотрудничество в области культуры и туризма.