В 1977 году основал «Новый балет» — театр при Ленконцерте, переименованный позднее в Санкт-Петербургский государственный академический театр балета Бориса Эйфмана. Борис Эйфман удостоен Государственных премий России за балетные спектакли «Чайковский», «Дон Кихот, или Фантазии безумца», «Карамазовы», «Красная Жизель», «Мой Иерусалим» (1999), а также за вклад в развитие отечественного и мирового хореографического искусства (2018).
Является инициатором создания Академии танца — балетной школы инновационного типа, чья деятельность направлена на воспитание творческой элиты России. В сентябре 2013 года Академия начала свой первый учебный год. В 2019 году в состав комплекса Академии вошел Детский театр танца — общегородская площадка для проведения фестивалей, конкурсов, спектаклей.
Неоднократно становился лауреатом высшей театральной премии Санкт-Петербурга «Золотой софит» и национальной театральной премии «Золотая маска». Является кавалером орденов «За заслуги перед Отечеством» IV, III и II степеней.